他にも色々と変更点はあるのですが特にアレだと思われる物を抜粋。
なんかあれば随時更新します。

・各種リセット時刻一覧
毎日リセットされるもの(GC、象牙、釣り場等):AM8:00
週一でリセットされるもの(魔族の実験場):水曜日のAM8:00
ゲーム内の商店(釣り餌、VIP等)、ログインスタンプ:AM6:00
公式サイトのデイリー物(じゃんけん、イベントショップの配布等):AM0:00

・2018/2/7 初心者ゾーンリニューアル「INITIATION 話せる島」
LV70未満向けの初心者向けクエストが一新。
従来の初心者専用ゾーンではなく全て「話せる島」フィールド上で進行可能。
既に作成済みのLV70未満のキャラも該当LV帯からクエスト進行が可能。

・2017/12/11「封印スクロール」受け取り方法変更
ゲーム内商店ではなく公式サイトからの受け取りに変更。
公式ログインが必須なので注意。
封印解除スクの発行申請はコチラ。

・201/12/6 釣り場リニューアル
1キャラあたりの制限が1日8時間までに変更。
釣ると経験値が獲得できる竿や「ベリー」の利用法追加などなど。

・「TAM」ポイントの有効期限は取得から6か月
未使用のまま6か月経過分のTAMは月の最後のメンテで削除。
TAMってなんじゃいって人はコチラ。

・2017/8/9~ ドラゴンレイドリニューアル
難易度上昇、人数制限は16人。LV80+はほぼ必須条件。

・2016/11/2~ 毎週の定期メンテ時間が6時~9時に変更
これに限らず鯖落ち等のメンテナンス中は「ヘイスト」もプレイ不可。

・2016/7/1 「GATE OF RESURRECTION」実装
JPオリジナル狩場以外の場所がほぼ全域リニューアルで難易度上昇。

※2016/1/27~ 最新版クライアントはXPでは動作しません!

・2015/11/4 JPオリジナル狩場「魔族の実験場」実装。
低難度、「邪悪な活力」のドロップ率の高い金策狩場。

・2015/4/28 「カノープス」「アルタイル」ワールド統合で「デポロジュー」に。注意点等はリンク先参照。

・2015/3/11 「セキュリティーサービス」実装。「Google2次認証」導入でAC-1、MR2、DR1のおまけ付き。
※「Google2次認証」について詳しくはコチラ※
OTPは基本的にモバイル向けの物ですがPC単体でも完結できます。詳しくはコチラ。

・2015/2/12 公式サイトで「デバイス認証システム」実装。ブラウザを「クッキーを保存する」設定にしておくべし。
※二次認証未登録で生年月日と秘密の質問を忘れるとINできなくなるので注意※